콜롬비아 공사관 서기관 토마스 에란(Tomás Herrán)은 협상의 책임을 맡게 되었다. 그러나 그는 이 일을 감당하기에는 역량이 부족했다.

1월 21일, 에란은 헤이로부터 예상된 최후통첩을 받았다. 이는 에란이 미국의 조건에 따라 서명하지 않을 경우 미국이 니카라과에 운하를 건설하겠다는 암시를 담고 있었다. 다음 날, 에란은 헤이의 자택에서 크롬웰이 참석한 가운데 조약에 서명했다. 헤이는 기념품으로 크롬웰에게 서명에 사용된 펜을 건넸다.

“나는 마치 끔찍한 악몽에서 깨어난 것 같다”고 에란은 친구에게 쓴 편지에서 밝혔다. “기꺼이 나는 그 끔찍한 운하와 관련된 모든 문서를 모아 시야에서 치우겠다.”

그 문서 중 하나는 에란이 조용히 공사관 기록 보관소에 묻어둔 것으로, 그가 조약에 서명한 후 3일 만에 도착한 보고타의 전보였다.

이는 서명을 하지 말고 추가 지시를 기다리라는 내용이었다.

예상대로 헤이-에란 조약은 미국의 요구를 거의 모두 충족시켰다.

이 조약에 따라 신 파나마 운하 회사는 미국에 “권리, 특권, 재산, 양허”를 매각할 권한을 부여받았고, 콜롬비아는 콜론에서 파나마시티까지 6마일 폭의 운하 구역에 대한 미국의 통제를 허용했으나 두 도시 자체는 제외되었다. 이 프랜차이즈는 100년간 유효하며 미국의 선택에 따라 갱신 가능했다.

운하 구역에 대한 콜롬비아의 주권은 조약 제4조에서 명시적으로 인정되었지만, 미국은 해당 구역 내에서 자체 법원을 설립하고 운하, 항구, 철도와 관련된 자체 규정을 시행할 수 있도록 허용되었다.

운하와 철도에 대한 경찰 보호는 콜롬비아가 제공해야 했으나, 콜롬비아가 이 의무를 이행하지 못할 경우 미국은 콜롬비아의 동의를 얻어, 또는 긴급 상황에서는 동의 없이 행동할 수 있었다.

즉, 미국은 콜롬비아의 동의를 얻어 병력을 배치하거나 운하를 건설하고 공중 보건을 관리할 수 있었다.

워싱턴의 반응은 매우 긍정적이었다. 거의 모든 이들에게 이 조약은 확고하고 간단한 협정처럼 보였으며, 3월 17일 상원에서 수정 없이 압도적인 표차(73대 5)로 비준되었다.

그러나 보고타에서는 이 조약의 조건이 받아들여지지 않았다.

에란의 서명 소식이 전해진 직후인 1월 24일, 페르민 장관이 사임했다. 여론과 보고타 언론은 조약에 강하게 반대했으며, 마로킨과 관련되지 않은 거의 모든 정치 세력도 반대했다. 

한 콜롬비아 신문의 독자는 유머러스하게 미국이 콜롬비아를 단순히 병합하여 주권과 불평등한 이익 문제를 한 번에 해결하라고 제안했다. 

한편, 미 국무부는 콜롬비아의 비협조적 태도가 결국 돈 때문이라고 여겼다. 이는 루스벨트의 견해이기도 했는데, 그는 콜롬비아를 “공갈범들”로 묘사하는 복잡한 신화를 만들어냈다.

조약의 정당성을 둘러싼 콜롬비아 상원의 반대에 격분한 루스벨트는 1903년 7월 14일 헤이 국무장관에게 다음과 같이 지시했다.

“[미국의 대응을] 가능한 한 강경하게 만들어라... 보고타의 저 하찮은 족속들은 그들이 얼마나 많은 것을 위험에 빠뜨리고 있으며 자신들의 미래를 위태롭게 하고 있는지를 이해해야 한다.”
 

8월 12일, 콜롬비아 상원은 루스벨트의 암묵적인 무력 위협과 지난 2년간 미 해병대가 파나마 영토에 두 차례 개입한 사실에도 불구하고 조약을 거부했다.