국방부는 장성 1명을 중징계 처리하였고 9명(징계유예 1명 포함)은 경징계 처리하였다고 발표하였다. 9명의 경징계자중 함장인 최원일 중령은 징계유예를 받았다.[27] 이후 최종적으로 장성 1명에게 중징계가, 5명의 지휘관과 장교들에게 경징계가 확정됐다.[28]

한편 천안함 전 함장, 최원일 중령이 후에 진급을 했다는 유언비어와는 달리 그는 여전히 중령으로 있으며 이 사건 이후 일선부대에 배치되지 못했다.[29] 생존 장병들도 대부분 PTSD에 시달리고 있으며 절반은 자살 충동이 든 적이 있다고 답했다